Родилась блаженная Матрона (Матрона Димитриевна Никонова) в 1885 году в селе Себино Епифанского уезда (ныне Кимовского района) Тульской губернии. Село это расположено километрах в двадцати от знаменитого Куликова поля. Родители ее — Димитрий и Наталия, крестьяне — были людьми благочестивыми, честно трудились, жили бедно. В семье было четверо детей: двое братьев — Иван и Михаил, и две сестры — Мария и Матрона. Матрона была младшей. Когда она родилась, родители ее были уже немолоды.
При той нужде, в которой жили Никоновы, четвертый ребенок мог стать прежде всего лишним ртом. Поэтому из-за бедности еще до рождения последнего ребенка мать решила избавиться от него. Об убийстве младенца во чреве матери в патриархальной крестьянской семье не могло быть и речи. Зато существовало множество приютов, где незаконнорожденные и необеспеченные дети воспитывались за казенный счет или на средства благотворителей.
Мать Матроны решила отдать будущего ребенка в приют князя Голицина в соседнее село Бучалки, но увидела вещий сон. Еще не родившаяся дочь явилась Наталии во сне в виде белой птицы с человеческим лицом и закрытыми глазами и села ей на правую руку. Приняв сон за знамение, богобоязненная женщина отказалась от мысли отдать ребенка в приют. Дочь родилась слепой, но мать любила свое «дитя несчастное».
Священное Писание свидетельствует, что Всеведущий Бог иногда предъизбирает Себе служителей еще до их рождения. Так, Господь говорит святому пророку Иеремии: «Прежде нежели Я образовал тебя во чреве, Я познал тебя, и прежде нежели ты вышел из утробы, Я освятил тебя» (Иер. 1, 5). Господь, избрав Матрону для особого служения, с самого начала возложил на нее тяжелый крест, который она с покорностью и терпением несла всю жизнь.
При крещении девочка была названа Матроной в честь преподобной Матроны Константинопольской, греческой подвижни-цы V века, память которой празднуется 9 (22) ноября.
О богоизбранности девочки свидетельствовало то, что при крещении, когда священник, опустил дитя в купель, присутствующие увидели над младенцем столб благоухающего легкого дыма. Об этом поведал родственник блаженной Павел Иванович Прохоров, присутствовавший при крещении. Священник, отец Василий, которого прихожане почитали как праведника и блаженного, был несказанно удивлен: «Я много крестил, но такое вижу в первый раз, и этот младенец будет свят». Еще отец Василий сказал Наталии: «Если девочка что-то попросит, вы обязательно обратитесь прямо ко мне, идите и говорите прямо, что нужно». 
Он добавил, что Матрона встанет на его место и предскажет даже его кончину. Так впоследствии и получилось. Однажды ночью Матронушка вдруг сказала матери, что отец Василий умер. Удивленные и испуганные родители побежали в дом священника. Когда они пришли, то оказалось, что он действительно только что скончался.
Рассказывают и о внешнем, телесном знаке богоизбранности младенца — на груди девочки была выпуклость в форме креста, нерукотворный нательный крестик. Позже, когда ей было уже лет шесть, мать как-то стала ругать ее: «Зачем ты крестик с себя снимаешь?» «Мамочка, у меня свой крестик на груди», — отвечала девочка. «Милая дочка, — опомнилась Наталия, — прости меня! А я-то все тебя ругаю…»
Подруга Наталии позже рассказывала, что, когда Матрона была еще младенцем, мать жаловалась: «Что мне делать? Девка грудь не берет в среду и пятницу, спит в эти дни сутками, разбудить ее невозможно».
Матрона была не просто слепая, у нее совсем не было глаз. Глазные впадины закрывались плотно сомкнутыми веками, как у той белой птицы, что видела ее мать во сне. Но Господь дал ей духовное зрение. Еще в младенчестве по ночам, когда родители спали, она пробиралась в святой угол, каким-то непостижимым образом снимала с полки иконы, клала их на стол и в ночной тишине играла с ними.
Матронушку часто дразнили дети, даже издевались на нею: девочки стегали крапивой, зная, что она не увидит, кто именно ее обижает. Они сажали ее в яму и с любопытством наблюдали, как она наошупь выбиралась оттуда и брела домой.
С семи-восьмилетнего возраста у Матронушки открылся дар предсказания и исцеления больных.
